Luigi Ricciardi 1 , Rosa Mazzeo 2,*©, Angelo Raffaele Marcotrigiano 1 , Guglielmo Rainaldi 3 , Paolo Iovieno 4 , Vito Zonno 1 , Stefano Pavan 1© a Concetta Lotti 2,*
- 1 Oddělení věd o půdě, rostlinách a potravinářství, oddělení genetiky a šlechtění rostlin Univerzita v Bari, Via Amendola 165/A, 70125 Bari, Itálie; luigi.ricciardi@uniba.it (LR);angelo.marcotrigiano@uniba.it (PAŽE); vito.zonno@uniba.it (VZ); stefano.pavan@uniba.it (SP)
- 2 Oddělení věd o zemědělství, potravinářství a životním prostředí, University of Foggia, Via Napoli 25, 71122 Foggia, Itálie
- 3 Ústav biologických věd, biotechnologií a biofarmaceutik, Univerzita v Bari, Via Orabona 4, 70125 Bari, Itálie; guglielmo.rainaldi@uniba.it
- 4 Oddělení energetických technologií, divize bioenergie, biorafinerie a zelené chemie, výzkumné centrum ENEA Trisaia, SS 106 Ionica, km 419+500, 75026 Rotondella (MT), Itálie; paolo.iovieno@enea.it
* Korespondence: rosa.mazzeo@unifg.it (RM); concetta.lotti@unifg.it (CL)
Abstrakt:
Cibule (Allium cepa L.) je celosvětově druhou nejvýznamnější zeleninou a je široce ceněna pro své zdravotní přínosy. Navzdory významnému hospodářskému významu a hodnotě jako funkční potraviny byla cibule špatně prozkoumána s ohledem na její genetickou rozmanitost. Zde jsme zkoumali genetickou variaci u „Acquaviva red onion“ (ARO), krajové rasy se stoletou historií pěstování v malém městě v provincii Bari (Apulie, jižní Itálie). Sada 11 mikrosatelitních markerů byla použita k prozkoumání genetické variace ve sbírce zárodečné plazmy sestávající z 13 populací ARO a tří běžných komerčních typů. Analýzy genetické struktury parametrickými a neparametrickými metodami ukázaly, že ARO představuje dobře definovaný genofond, jasně odlišný od krajových ras Tropea a Montoro, se kterými je často zaměňován. Za účelem popisu cibulí, které se obvykle používají ke konzumaci v čerstvém stavu, byl hodnocen obsah rozpustné sušiny a štiplavost, vykazující vyšší sladkost v ARO ve srovnání s oběma výše uvedenými krajovými odrůdami. Celkově je tato studie užitečná pro budoucí valorizaci ARO, která by mohla být propagována prostřednictvím značek kvality, což by mohlo přispět k omezení obchodních podvodů a zlepšení příjmů drobných zemědělců.
Úvod
Rod Allium zahrnuje asi 750 druhů [1], z nichž jedním z nejrozšířenějších je cibule (Allium cepa L., 2n = 2x =16). A. cepa má dvouletý cyklus a překračující reprodukční chování. Celosvětová produkce cibule (97.9 Mt) z ní dnes dělá druhou nejdůležitější zeleninovou plodinu po rajčatech [2]. Od pradávna se cibule používaly jak jako potravina, tak v lidové medicíně. Již staří Egypťané uvedli několik terapeutických receptur založených na použití česneku a cibule v lékařském papyru z roku 1550 př. n. l., Codex Ebers [3].
Tato všestranná a zdravá zelenina se konzumuje syrová, čerstvá nebo jako zpracovaný produkt a používá se ke zvýraznění chuti mnoha pokrmů. Několik nedávných studií tvrdí, že konzumace cibule může snížit riziko kardiovaskulárních onemocnění [4,5], obezity [6], cukrovky [7] a různých forem rakoviny [8–10]. Zdravotní vlastnosti cibule jsou často připisovány vysokým hladinám dvou tříd nutraceutických sloučenin: flavonoidů a alk(en)ylcysteinsulfoxidů (ACSO). Do první třídy patří flavonoly a antokyany. Quercetin je hlavní detekovatelný flavonol, známý pro své silné antioxidační a protizánětlivé vlastnosti při odstraňování volných radikálů a vazbě iontů přechodných kovů. [11]; zatímco antokyany propůjčují některým odrůdám cibule červenou/fialovou barvu. Pokud jde o ACSO, nejhojnější je isoalliin [(+)-trans-S-1-propenyl-L-cysteinsulfoxid] [12], netěkavá a neproteinogenní sirná aminokyselina uložená v buňkách, která je nepřímo zodpovědná za štiplavé aroma a chuť cibule [13]. Při narušení tkáně je izoalliin štěpen enzymem alliináza za vzniku řady těkavých sloučenin (pyruvát, amoniak, thiosulfonáty a propanethial S-oxid), které způsobují slzení a způsobují nepříjemný zápach (štiplavost). [14]. Pálivost cibule se často měří jako množství kyseliny pyrohroznové generované hydrolýzou na gram čerstvé hmotnosti [15,16].
V zemích středomořské pánve je navrženo jako jedno ze sekundárních center diverzity a. kmen [17,18]Cibulové cibule vykazují širokou variabilitu tvaru, velikosti, barvy, sušiny a štiplavosti [19-jeden]. Kromě toho mohou hnojení na bázi síry, agronomické postupy, typ půdy, klimatické podmínky a genotyp kultivarů nebo krajových odrůd ovlivnit kvalitu cibule tím, že propůjčí zvláštní organoleptické a nutriční hodnoty. [23-jeden]. V Itálii je navzdory široké dostupnosti zárodečné plazmy cibule často předmětem vědeckých studií a náležitě charakterizováno pouze několik odrůd cibule. [28,29].
Důkladná genetická a fenotypová charakterizace agrobiodiverzity je zásadní pro zajištění vhodného zachování genetických zdrojů rostlin a pro podporu využití specifických genotypů v hodnotovém řetězci. [30-jeden]. Pro mapování byly často vybírány markery opakování jednoduchých sekvencí (SSR). [33-jeden], DNA fingerprinting a rozlišování kultivarů [36-jeden]a spolehlivý odhad genetické variability v rámci krajových ras a mezi nimi [39-jeden], protože jsou lokusově specifické, multialelické, kodominantně zděděné, vysoce reprodukovatelné a vhodné pro automatizované genotypování.
V této studii jsme zaměřili naši pozornost na apulskou tradiční krajovou rasu, „červenou cibuli Acquaviva“ (ARO), která se pěstuje podle metod ekologického zemědělství v malé oblasti města Acquaviva delle Fonti v provincii Bari. (Apulie, jižní Itálie). Cibule této krajové rasy jsou velké, zploštělé a červené barvy a jsou z velké části používány v místních receptech. Přestože ARO získalo značku kvality „Slow Food Presidium“, jeho výroba by mohla být dále podporována a chráněna značkami kvality Evropské unie, jako je chráněné zeměpisné označení (CHZO) a chráněné označení původu (POD), protože by mohly přispět k omezení obchodní podvody a zlepšit příjmy drobných zemědělců. Zde byly molekulární markery SSR použity jako výkonné nástroje k posouzení genetických variací mezi populacemi ARO a k odlišení této krajové rasy od dalších dvou jihoitalských krajinných odrůd červené cibule. Dále jsme odhadli štiplavost a obsah rozpustných pevných látek, abychom vyhodnotili chuť ARO ve vztahu k poptávce trhu.
výsledky
Založení sběru zárodečné plazmy z červené cibule a morfologické charakterizace Acquaviva
K založení sbírky zárodečné plazmy ARO byla použita semena 13 populací ARO landrase, darovaná farmáři v rámci projektu BiodiverSO Region Apulia.
Morfologické deskriptory související s cibulí, kůží a dužinou byly shromážděny na zárodečné plazmě ARO a na třech krajinných cibulích, z nichž dva patří do krajinné rasy „Tropea red onion“ (TRO) a jeden do krajové rasy „Montoro měděná cibule“ (MCO) (obrázek 1). Všechny cibule ARO byly ploché a vyznačovaly se červenou vnější slupkou a dužinou s různými odstíny červené. Naproti tomu dužina cibulí TRO byla zcela červená, zatímco dužina cibulí MCO byla špatně pigmentovaná (tabulka S1). Biochemická analýza umožnila vyhodnotit obsah pevných látek a štiplavost. Jak je uvedeno v tabulce 1, průměrné hodnoty obsahu pevných látek v cibulkách v populacích ARO byly 7.60 a pohybovaly se od 6.00 (ARO12) do 9.50° Brix (ARO11 a ARO13). Tato hodnota byla vyšší než hodnota odhadovaná pro TRO a MCO landrace (4.25 a 6.00° Brix).
Tabulka 1. Obsah pevných látek a hodnoty štiplavosti hodnocené v populacích „Acquaviva Red Onion“ (ARO), „Tropea Red Onion“ (TRO) a „Montoro Copper Onion“ (MCO) *.
CODE | Obsah rozpustné pevné látky (Brix) | štiplavost (pmolg-1 FW) | ||
Znamenat | CV y (%) | Znamenat | CV y (%) | |
ARO1 | 6.25 D * | 5.65 | 5.84 ab * | 23.78 |
ARO2 | 7.25 DC | 4.87 | 6.51 | 22.98 |
ARO3 | 7.50 XNUMX XNUMX BCD | 9.42 | 5.28 ab | 22.88 |
ARO4 | 7.50 XNUMX XNUMX BCD | 0.00 | 6.97 | 3.74 |
HOOP 5 | 7.50 XNUMX XNUMX BCD | 0.00 | 6.80 | 9.68 |
ARO6 | 6.25 D | 5.65 | 4.51 ab | 39.18 |
ARO7 | 7.25 DC | 4.87 | 5.25 ab | 15.44 |
ARO8 | 9.00 AB | 0.00 | 7.04 | 3.49 |
ARO9 | 8.25 XNUMX ABC | 4.28 | 6.84 | 0.15 |
ARO10 | 7.00 DC | 0.00 | 5.94 ab | 6.57 |
ARO11 | 9.50 | 7.44 | 5.54 ab | 16.43 |
ARO12 | 6.00 D | 0.00 | 4.91 ab | 9.70 |
ARO13 | 9.50 | 7.44 | 6.63 | 24.93 |
MCO | 6.00 D | 0.00 | 4.18 ab | 2.66 |
TRO1 | 4.25 E | 8.31 | 2.80 b | 2.10 |
TRO2 | 4.25 E | 8.31 | 4.28 ab | 4.79 |
* Prostředky se stejnými písmeny velkými nebo malými se statisticky neliší při 0.01P, respektive 0.05P (SNK's Test). y Variační koeficient.
Průměrná hodnota štiplavosti ARO, hodnocená pomocí obsahu kyseliny pyrohroznové, byla 6.00, pohybovala se od 4.51 pmol g-1 FW (ARO6) na 7.04 (ARO8). Tato hodnota byla vyšší než hodnota odhadovaná u krajových ras TRO a MCO (3.54 pmol g-1 FW a 4.18 pmol g-1 FW, resp.).
Polymorfismus SSR a genetické vztahy mezi přírůstky
V této studii 11 z 37 testovaných kombinací primerů SSR poskytlo jednolokusové polymorfismy, tj. poskytlo nejvýše dva amplifikační produkty u jednoho jedince. Celkově bylo detekováno 55 alel u 320 jedinců s počtem alel na lokus v rozmezí od 2 (ACM147 a ACM 504) do 11 (ACM132) a průměrnou hodnotou 5 alel (tabulka 2). V jednotlivých populacích se počet alel (Na) pohyboval od 1.94 (ACM147 a ACM504) do 5.38 (ACM132), zatímco efektivní počet alel (Ne) se pohyboval od 1.41 (ACM152) do 2.82 (ACM449). Nesrovnalosti mezi hodnotami Na a Ne byly způsobeny přítomností alel s nízkou frekvencí v populacích a převahou pouze několika alel. Nejvyšší pozorovaná hodnota heterozygotnosti (Ho) byla zvýrazněna pro ACM138 a ACM449 (0.62), zatímco nejnižší byla spojena s ACM152 (0.25). Očekávaná heterozygotnost (He), která odpovídá teoretickému očekávání v panmiktické populaci, se pohybovala od 0.37 (ACM504) do 0.61 (ACM132, ACM138 a ACM449). Wrightův fixační index (Fis) vykazoval hodnoty blízké nule (průměr 0.05) pro všechny markery, což ukazuje na podobné hodnoty mezi pozorovanými a očekávanými úrovněmi heterozygotnosti, jak se očekávalo pro vnější křížení druhů. Účinnost jednotlivých markerů SSR v genetickém fingerprintingu byla odhadnuta pomocí indexu obsahu polymorfní informace (PIC) s průměrnou hodnotou 0.48 a pohybovala se v rozmezí od 0.33 (ACM504) do 0.67 (ACM132). Další index účinnosti, Shannonův informační index (I), vykazoval střední hodnotu 0.84 a předpokládané hodnoty se pohybovaly od 0.45 (ACM152) do 1.20 (ACM132).
Tabulka 2. Vlastnosti polymorfismu 11 markerů SSR používaných k odhadu genetické diverzity v populacích ARO, TRO a MCO. Celkový počet alel (Na), rozsah velikosti proužku a index polymorfního informačního obsahu (PIC) Viz celkový soubor 320 jedinců genotypovaných v této studii. Počet alel (Na), počet efektivních alel (Ne), pozorovaná heterozygotnost (Ho), očekávaná heterozygotnost (He), fixační index (Fis) a Shannonův informační index (I) odkazují na průměrné hodnoty vypočítané z 16 populací, z nichž každá je tvořena 20 jednotlivci.
Místo. | Celkem Na | Rozsah velikostí (bp) | PIC | Znamenat | |||||
Na | Ne | Ho | He | I | Fis | ||||
ACM91 | 4 | 189-205 | 0.40 | 2.63 | 1.72 | 0.38 | 0.39 | 0.66 | 0.04 |
ACM101 | 4 | 229-241 | 0.52 | 2.94 | 2.37 | 0.53 | 0.56 | 0.92 | 0.06 |
ACM132 | 11 | 186-248 | 0.67 | 5.38 | 2.78 | 0.55 | 0.61 | 1.20 | 0.09 |
ACM138 | 5 | 242-272 | 0.66 | 3.69 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.09 | -0.02 |
ACM147 | 2 | 264-266 | 0.37 | 1.94 | 1.83 | 0.44 | 0.44 | 0.62 | -0.01 |
ACM152 | 4 | 228-244 | 0.25 | 2.38 | 1.41 | 0.25 | 0.27 | 0.45 | 0.07 |
ACM235 | 4 | 286-298 | 0.41 | 2.81 | 1.77 | 0.44 | 0.41 | 0.72 | -0.06 |
ACM446 | 6 | 108-120 | 0.56 | 3.50 | 2.48 | 0.49 | 0.58 | 1.01 | 0.16 |
ACM449 | 8 | 120-140 | 0.66 | 4.88 | 2.82 | 0.62 | 0.61 | 1.18 | -0.03 |
ACM463 | 5 | 202-210 | 0.47 | 3.38 | 1.95 | 0.46 | 0.48 | 0.83 | 0.05 |
ACM504 | 2 | 188-192 | 0.33 | 1.94 | 1.64 | 0.30 | 0.37 | 0.54 | 0.20 |
Znamenat | 5 | 0.48 | 3.22 | 2.15 | 0.46 | 0.48 | 0.84 | 0.05 |
Mezi populacemi vykazovaly ARO3, ARO6, ARO8, ARO10, TRO1 a MCO vysokou úroveň genetické variace (Ho > 0.5), zatímco nejnižší diverzita byla pozorována u populace ARO7 (Ho = 0.27) (doplňková tabulka S2). Celkově všechny přírůstky vykazovaly Fis hodnoty blízké nule (Fis střední hodnota = 0.054), jak se očekávalo za podmínek náhodného páření.
Analýza molekulární variance a genetické struktury
Hierarchické rozdělení genetických variací mezi populacemi a uvnitř nich bylo vypočítáno pomocí AMOVA. Výsledky poukázaly na značnou část genetických variací v rámci populací (87 %). Rozdíly mezi populacemi, 13 %, byly velmi významné (P < 0.001) (tabulka 3). Párové hodnoty parametru Fpt, obdoby Wrightova fixačního indexu Fst, v rozmezí od 0.002 (ARO2/ARO10) do 0.468 (ARO7/TRO2), byly významné (P < 0.05), s výjimkou devíti párových srovnání (doplňková tabulka S3).
Tabulka 3. Analýza molekulární variance 320 genotypů z 16 populací Allium cepa L.
Zdroj | df | Součet čtverců | Odhad rozptylu | Rozptyl (%) | Fpt | P |
Mezi populacemi | 15 | 458.63 | 1.16 | 13% | ||
V rámci populací | 304 | 2272.99 | 7.50 | 87% | 0.134 | 0.001 |
Celková cena | 319 | 2731.62 | 8.66 |
Zkoumání genetické struktury v a. kmen kolekce genotypizovaná v této studii byla provedena pomocí shlukové analýzy založené na modelu příměsí implementované v softwaru STRUCTURE. Metoda Evanno AK navrhla rozdělení do dvou shluků (K = 2) jako nejinformativnější pro naše dataset,s the další nejvyšší peak ve společnosti K = 5 (doplňkové pravidlo S1). Vidlička = 2, ahpopulací wno zadekigned takénaf dva shluky s a rnernbertoipův koeficient (q) > 0.7. Jak shovyhrát Obrázek 2aprvní shluk (pojmenovaný S1) zahrnoval MCO a všechny populace ARO, zatímco shluk S2 seskupoval dvě populace TRO. Při K = 5 poskytuje hlubší popis souboru dat (obr 2b), 75 % přistoupení bylo přiřazeno jednomu z pěti klastrů. Separace mezi ARO (S1) a TRO (S2) byla potvrzena, ačkoli některé populace ARO byly smíchány (q < 0.7) nebo seskupeny samostatně ve dvou nových shlucích S3 a S4 (ARO7 a ARO12, v tomto pořadí). Je zajímavé, že komerční typ MCO vytvořil zřetelný shluk (S5) oddělený od apulské červené cibule.
Genetické vztahy mezi populacemi
Polymorfismus SSR umožnil nakreslit dendrogram genetické diverzity a výsledky fylogenetické analýzy jsou znázorněny na obr. 3a. Zde byla sbírka zárodečné plazmy rozdělena do pěti skupin silně podporovaných bootstrapovými hodnotami. Populace ARO7 a ARO12 byly okamžitě odděleny od zbývajících populací a vytvořily dva odlišné shluky. Třetí shluk zahrnoval dvě komerční populace TRO, mezitím čtvrtý uzel oddělil MCO od jedenácti populací ARO. Genetická příbuznost vyskytující se mezi populacemi byla dále zkoumána pomocí základní souřadnicové analýzy (PCoA) (obr. 3b). Jak již bylo zdůrazněno, populace ARO byly seskupeny těsně, s výjimkou ARO12 a ARO7, které se objevily v izolovaných pozicích v grafu PCoA. Dvě populace TRO a MCO byly rozptýleny v pravém dolním panelu grafu.
Obrázek 3. Genetická rozmanitost mezi 16 a. kmen populace charakterizované v této studii na základě jejich profilu SSR. (a) UPGMA dendrogram genetické vzdálenosti. Hodnoty podpory bootstrapu >50 jsou uvedeny nad odpovídajícími uzly; (b) analýza hlavních složek (PCoA). Shluk zakroužkovaný červeně plně odpovídal skupině vytvořené fylogenetickou analýzou a tvořený 11 přírůstky ARO.
Diskuse
V rámci velkého množství agrobiodiverzity tradičně pěstované v jižní Itálii představují krajové druhy cibule specializované produkty, které je třeba chránit před rizikem genetické eroze a hrozbou nahrazení moderními kultivary. V rámci regionálního projektu BiodiverSO, zaměřeného na sběr, charakterizaci, propagaci a ochranu genetických zdrojů regionu Apulie silně spjatých s místním dědictvím, jsme založili sbírku semen 13 populací krajové rasy ARO. Uvedli jsme první hodnocení variace ARO z hlediska polymorfismů DNA a dvou biochemických parametrů, obsahu rozpustné pevné látky a kyseliny pyrohroznové, souvisejících s chuťovými vlastnostmi a důležitých pro přijetí čerstvých tepelně neupravených produktů. Kromě toho byly porovnány údaje o krajinné rase ARO s daty získanými na dvou dalších krajinových odrůdách pigmentované cibule, se kterými se často pletl.
Biochemické analýzy poukázaly na sladkost 13 populací ARO související s vysokým obsahem rozpustných pevných látek a střední štiplavostí podle pokynů pro průmysl sladké cibule. [31]. Žárovky ARO byly sladší než ty z TRO a MCO landraces a vykazovaly mírně vyšší štiplavost. Sladkost v cibuli je však způsobena rovnováhou mezi obsahem cukru a štiplavostí, proto by tato charakterizace mohla být užitečná pro podporu výběru hodnotných genotypů, který zemědělci obvykle provádějí pouze na základě morfologie.
Bylo potvrzeno, že markery SSR jsou užitečným nástrojem k rozlišení genotypů, i když byly shromážděny v úzké pěstitelské oblasti, jako je město Acquaviva delle Fonti. Vybrané markery vykazovaly vyšší počet alel než markery dříve hlášené [43] a [44], ale nižší než ukazatele hlášené uživatelem [45]. Navíc 50 % naší sady markerů vykazovalo hodnoty indexu PIC vyšší než 0.5, což se ukázalo jako vhodné k rozlišení populací ve sbírce, jak navrhuje [46]. Hodnocení diverzity v populacích odhalilo podobné hodnoty mezi Ho a He, což mělo za následek nízké Fis hodnoty. To je v souladu s povahou out-crossingu A. cepa, který vážně trpí inbrední depresí [47]. Celková Fis hodnota vypočítaná v populacích cibule uvažovaných v této studii (0.054) byla nižší než hodnota dříve uváděná [45] (0.22) a téměř identický s tím, který našel [31] (0.08) a [48] (0.00), kteří hodnotili genetickou diverzitu u cibulových krajin ze severozápadního Španělska a Nigeru. Pozoruhodné úrovně heterozygotnosti v populacích ARO posilují představu, že Apulie představuje centrum rozmanitosti pro mnoho zahradnických druhů [32, 42, 49-jeden].
AMOVA zdůraznila, že většina molekulárních variací ve sbírce genotypů v této studii leží v populacích. Nicméně významná genetická diferenciace mezi populacemi (FPT hodnoty) odhalil výskyt genetické stratifikace. Ve skutečnosti, ačkoli naše výsledky naznačovaly přítomnost genetické uniformity ve většině populací ARO, tvořících dobře definovaný shluk, populace ARO7 a ARO12 vykazovaly jasně odlišný genetický profil. Tento výsledek mohl být způsoben odlišným původem semen používaných dvěma farmáři, od kterých byly populace shromážděny. Navíc na základě získaných výsledků lze ARO landrase považovat na genetické úrovni za jasně odlišnou od TRO a MCO landrase. V nedávné studii [29] hodnotili genetickou rozmanitost několika italských krajových ras cibule včetně „Acquaviva“, „Tropea“ a „Montoro“. Ačkoli autoři použili markery SNP k posouzení genetické diverzity širší sbírky cibule, genotypizace nebyla schopna rozlišit cibule „Acquaviva“ od „Tropea“ a „Montoro“. Pravděpodobně je tento nesoulad způsoben nízkou průměrnou zjištěnou hodnotou PIC (0.292), což naznačuje skromnou obecnou informativnost analyzovaných lokusů, jak tvrdí [29]. Kromě toho, aby bylo možné prozkoumat přítomnost substruktury v jejich italském shluku, bylo by lepší analyzovat italské genotypy odděleně od zbytku sbírky. Pravděpodobně by to umožnilo vizualizovat vzorec genetické diverzity spojený s geografickou stratifikací nebo rysy v rámci empirického výběru.
Na závěr tato studie představuje komplexní zprávu o cibulové krajinné rase spojené s místním kulturním dědictvím a ekonomické důležitosti pro zemědělce. Naše výsledky zdůrazňují, že až na několik výjimek se ARO vyznačuje dobře definovaným genofondem, který si zaslouží ochranu před rizikem genetické eroze. Proto bylo založení reprezentativní sbírky tohoto cenného zdroje genetické diverzity klíčové. A konečně, genetická a fenotypová charakterizace ARO by mohla být užitečná pro získání značek kvality z Evropské unie.
Materiály a metody
Sběr zárodečné plazmy, rostlinný materiál a extrakce DNA
Soubor 13 populací krajové rasy ARO byl získán v rámci projektu regionu Apulie (BiodiverSO: https://www.biodiversitapuglia.it/)prostřednictvím řady misí uskutečněných v „Acquaviva delle Fonti“, malém apulském městě v provincii Bari v Itálii. Sběrná místa každého přírůstku byla zmapována prostřednictvím geografického informačního systému (GIS) a uvedena v tabulce 4. Kromě toho byly do této studie zahrnuty dvě populace z TRO landrase a jedna populace z MCO landrase a použity jako reference. Veškerý rostlinný materiál byl pěstován ve stejných podmínkách prostředí na experimentální farmě „P Martucci“ Univerzity v Bari (41° 1'22.08″ N, 16°54'25.95″ E), v ochranné kleci, aby se zabránilo křížovému opylení mezi populací a zajištění vnitropopulačního opylení pomocí muchniček (Lucilia caesar). U 16 populací byly charakterizovány znaky související s velikostí a tvarem cibule a barvou kůže a masa (tabulka S1). Kromě toho byl proveden test obsahu pevných látek pomocí ručního refraktometru a štiplavost byla měřena ve vzorcích cibulové šťávy s přidáním 2,4-dinitrofenylhydrazinu (0.125 % v/v ve 2N HC420) a vyhodnocení absorbance při XNUMX nm, jak uvádí [31]. Duncanův vícerozsahový test a SNK test byly provedeny ke stanovení přítomnosti významných rozdílů.
Tabulka 4. Seznam populací shromážděných a genotypizovaných v této studii. Pro každou populaci se uvádí identifikační kód, místní název, GPS souřadnice a genová banka uchovávající semena.
Kód | Příjmení | Souřadnice GPS | Genová banka y |
ARO1 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’21.708″ N 16°49’1.631” E | Di.SSPA |
ARO2 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’14.28″ N 16°48’56.879” E | Di.SSPA |
ARO3 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’11.304″ N 16°49’13.079” E | Di.SSPA |
ARO4 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’3.348″ N 16°40’27.011” E | Di.SSPA |
ARO5 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°51’59.76″ N 16°53’0.527” E | Di.SSPA |
ARO6 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’48.72″ N 16°49’43.247” E | Di.SSPA |
ARO7 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’13.47″ N 16°50’23.783” E | Di.SSPA |
ARO8 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’18.816″ N 16°49’33.888” E | Di.SSPA |
ARO9 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54"51.372″ N 16°49"3.504" E | Di.SSPA |
ARO10 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°54’1.188″ N 16°49’24.311” E | Di.SSPA |
ARO11 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52"49.8″ N 16°49"48.575" E | Di.SSPA |
ARO12 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°52’38.892″ N 16°49’28.379” E | Di.SSPA |
ARO13 | Cipolla rossa di Acquaviva | 40°53’21.768″ N 16°49’29.711” E | Di.SSPA |
TRO1 | Cipolla rossa lunga di Tropea | - | Di.SSPA |
TRO2 | Cipolla rossa tonda di Tropea | - | Di.SSPA |
MCO | Cipolla ramata di Montoro | - | Di.SSPA |
y Di.SSPA, Katedra věd o půdě, rostlinách a potravinách, Univerzita v Bari. |
Byl odebrán materiál listů 20 genotypů na populaci a skladován při -80 °C až do použití. Pro druhy bohaté na polysacharidy, např A. cepa, první kroky odstranění polysacharidu jsou nezbytné pro získání kvalitní DNA, proto byly počáteční promytí v STE pufru (0.25 M sacharóza, 0.03 M Tris, 0.05 M EDTA) provedeny tak, jak je popsáno v [52]. Celková DNA byla extrahována metodou CTAB [53] a nakonec byla zkontrolována kvalita a koncentrace pomocí Nano Drop 2000 UV-vis spektrofotometru (ThermoScientific, Waltham, MA, USA) a elektroforézou na 0.8% agarózovém gelu.
Analýza SSR
16 kombinací primerů EST-SSR vyvinutých společností [54] a dříve testovány ve studiích genetické diverzity [43] a [44] a 21 genomických SSR [45-jeden] byly testovány, aby se vyhodnotila jejich vhodnost (doplňková tabulka S4). Genotypizace byla provedena za použití ekonomické metody fluorescenčního značkování, při které se ke každému přímému primeru SSR přidal konec M13. [56]. PCR směsi byly připraveny v 20 gL reakci obsahující: 50 ng celkové DNA, 0.2 mM dNTP směsi, 1X PCR reakční pufr, 0.8 U DreamTaq DNA polymerázy (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA), 0.16 gM reverzního primeru 0.032 gM přímého primeru rozšířeného o sekvenci M13 (5'-TGTAAAACGACGGCCAGT-3') a 0.08 gM univerzálního primeru M13 značeného fluorescenčními barvivy FAM nebo NED (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA). PCR reakce byly prováděny v termocykleru SimpliAmp (Applied Biosystems, CA, USA) s následujícími podmínkami pro většinu párů primerů: 94 °C po dobu 5 minut, 40 cyklů při 94 °C po dobu 30 s, 58 °C po dobu 45 s a 72 °C po dobu 45 s a konečné prodloužení při 72 °C po dobu 5 minut. Pokud jde o ACM446 a ACM449, byla aplikována touchdown PCR s žíháním 60 °C až 55 °C během 10 cyklů, 30 cyklů při 55 °C, po čemž následovalo konečné prodloužení 5 minut při 72 °C. Produkty PCR byly naneseny na 96jamkovou destičku a smíchány se 14 ug Hi-Di formamidu (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) a 0.5 g vel. standardu GeneScan 500 ROX (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA). Amplikony byly rozlišeny pomocí ABI PRISM 3100 Avant Genetic Analyzer (Life Technologies, Carlsbad, CA, USA) kapilárního sekvenačního stroje, kde byly alely hodnoceny jako kodominantní a přiřazeny pomocí GeneMapper Software verze 3.7.
Software GenAlex 6.5 [57] a Cervus 3.0.7 [58] byly použity k odhadu počtu alel (Na), počtu účinných alel (Ne), pozorované heterozygotnosti (Ho), očekávané heterozygotnosti (He), polymorfního informačního obsahu (PIC), Shannonova informačního indexu (I) a fixačního indexu (Fis ) pro každý lokus SSR.
Hodnocení genetické diverzity
Hierarchické rozdělení genetických variací mezi populace cibule a uvnitř ní bylo hodnoceno pomocí GenAlex 6.5 [57] prostřednictvím analýzy molekulární variance (AMOVA) s 999 bootstrapem pro testování významnosti. Navíc byl použit software GenAlex 6.5 k odhadu diverzity v každé populaci výpočtem průměru Ho, He a Fis přes všechny lokusy SSR.
Struktura populace byla odvozena pomocí shlukovacího algoritmu založeného na Bayesovském modelu implementovaného v softwaru STRUCTURE v.2.3.4 [59]. Soubor dat byl spuštěn s řadou hypotetických shluků (K), v rozsahu od 1 do 10, přičemž bylo nastaveno deset nezávislých běhů na každou hodnotu K. Pro každý běh, jehož cílem bylo ověřit konzistenci výsledků, bylo provedeno 100,000 100,000 počátečních období vyhoření a XNUMX XNUMX iterací Markov Chain Monte Carlo (MCMC) podle modelu příměsí a nezávislých frekvencí alel mezi populacemi. Nejpravděpodobnější hodnota K byla stanovena pomocí metody AK popsané v [60], ve webovém programu STRUCTURE HARVESTER [61]. Jednotlivá populace byla přiřazena ke specifickému shluku, když jeho koeficient členství (q-hodnota) byl vyšší než 0.7, jinak byl považován za smíšený původ.
Byla provedena hlavní souřadnicová analýza za účelem vizualizace vzorců genetického vztahu mezi přírůstky odhalenými Neiovou genetickou maticí vzdálenosti (doplňková tabulka S5). Na základě frekvencí alel byl zkonstruován dendrogram genetické vzdálenosti za použití metody skupin nevážených párů s aritmetickými průměry (UPGMA) shlukovou analýzou v softwaru POPTREEW [62]. Bootstrapping byl použit k posouzení spolehlivosti v hierarchickém shlukování, nastavením 100 převzorkování datové sady. Konečně software MEGA X [63] byl použit jako software pro kreslení stromů.
Doplňkové materiály: Níže jsou k dispozici online na adrese http://www.mdpi.com/2223-7747/9/2/260/s1. Tabulka S1: Morfologická charakterizace žárovek ARO, MCO a TRO. Tabulka S2: Heterozygotnost a indexy fixace vypočtené pro krajové rasy ARO a krajové rasy TRO a MCO. Tabulka S3: Párové hodnoty parametru Fpt. Tabulka S4: Seznam SSR použitých ve studii. Tabulka S5. Párová populační matice Nei genetické vzdálenosti. Obrázek S1: Spojnicový graf hodnot K měnících se podle Evannova Delta K.
Autor příspěvků: CL a LR koncipovali studii a navrhli experiment; CL a PI provedly analýzu molekulárních markerů; ARM a VZ provedly polní zkoušky; RM, SP, GR a CL byly zapojeny do analýzy dat; RM a CL napsali rukopis. Všichni autoři si přečetli publikovanou verzi rukopisu a souhlasí s ním.
Financování: Tato práce byla financována regionálním apulským projektem „Biodiverzita apulských druhů zeleniny“ – Programma di Sviluppo Rurale per la Puglia 2014–2020. Misura 10 – Sottomisura 10.2; grant CUP H92C15000270002, Itálie.
Poděkování: Poděkování patří „Azienda Agricola Iannone Anna“ a „Associazione produttori della vera cipolla rossa di Acquaviva“ za poskytnutí rostlinných materiálů použitých v experimentu.
Střet zájmů: Autoři neuvádějí žádný střet zájmů.
Reference
- 1. Stearn, WT Kolik druhů Allium je známo? Kew Mag. 1992, 9, 180-182. [CrossRef]
- 2. FAOSTAT. Statistická databáze FAO. Dostupný online: http://www.fao.org/2017 (vstup 8. ledna 2019).
- 3. Blok, E. Chemie česneku a cibule. Sci. Dopoledne. 1985, 252, 114-119. [CrossRef]
- 4. Lee, B.; Jung, JH; Kim, HS Hodnocení antioxidační aktivity červené cibule u potkanů. Food Chem. Toxicol. 2012, 50, 3912-3919. [CrossRef]
- 5. Lee, SM; Moon, J.; Chung, JH; Cha, YJ; Shin, MJ Účinek extraktů z cibulových slupek bohatých na kvercetin na arteriální trombózu u potkanů. Food Chem. Toxicol. 2013, 57, 99-105. [CrossRef] [PubMed]
- 6. Yoshinari, O.; Shiojima, Y.; Igarashi, K. Účinky cibulového extraktu proti obezitě u diabetických tučných krys zucker. Živiny 2012, 4,1518-1526. [CrossRef]
- 7. Akash, MSH; Rehman, K.; Chen, S. Kořenina Allium cepa: Doplněk stravy pro léčbu diabetes mellitus 2. typu. Výživa 2014, 30, 1128-1137. [CrossRef] [PubMed]
- 8. Wang, Y.; Tian, WX; Ma, XF Inhibiční účinky cibule (Allium cepa L.) extrakt na proliferaci rakovinných buněk a adipocytů prostřednictvím inhibice syntázy mastných kyselin. Asijský Pac. J. Cancer Předchozí. 2012,13, 5573-5579. [CrossRef] [PubMed]
- 9. Lai, WW; Hsu, SC; Chueh, FS; Chen, YY; Yang, JS; Lin, JP; Lien, JC; Tsai, CH; Chung, JG Quercetin inhibuje migraci a invazi SAS lidských buněk rakoviny ústní dutiny prostřednictvím inhibice signálních drah NF-kappaB a matrix metaloproteinázy-2/-9. Anticancer Res. 2013, 33, 1941-1950. [PubMed]
- 10. Nicastro, HL; Ross, SA; Milner, JA Česnek a cibule: Jejich vlastnosti prevence rakoviny. Rakovina Předchozí Res. 2015, 8,181-189. [CrossRef]
- 11. Forte, L.; Torricelli, P.; Boanini, E.; Gazzano, M.; Rubini, K.; Fini, M.; Bigi, A. Antioxidační a kostní reparační vlastnosti hydroxyapatitu funkcionalizovaného kvercetinem: Studie kokultivace osteoblastů, osteoklastů a endoteliálních buněk in vitro. Acta Biomater. 2016, 32, 298-308. [CrossRef]
- 12. Yamazaki, Y.; Iwasaki, K.; Mikami, M.; Yagihashi, A. Distribuce jedenácti chuťových prekurzorů, derivátů S-Alk(en)yl-L-cysteinu, v sedmi zelenině Allium. Food Sci. Technol. Res. 2011, 17, 55-62. [CrossRef]
- 13. Block, E. Organosírová chemie rodu Allium – Důsledky pro organickou chemii síry. Angew. Chem. Int. Ed. Engl. 1992, 31, 1135-1178. [CrossRef]
- 14. Griffiths, G.; Trueman, L.; Crowther, T.; Thomas, B.; Smith, B. Cibule-Globální přínos pro zdraví. Phytother. Res. 2002,16, 603-615. [CrossRef]
- 15. Schwimmer, S.; Weston, WJ Enzymatický vývoj kyseliny pyrohroznové v cibuli jako míra štiplavosti. J. Agric. Food Chem. 1961, 9, 301-304. [CrossRef]
- 16. Ketter, KOCOUR; Randle, WM Hodnocení štiplavosti u cibule. v Testované studie pro laboratorní výuku; Karcher, SJ, Ed.; Association for Biology Laboratory Education (ABLE): New York, NY, USA, 1998; Svazek 19, s. 177-196.
- 17. Hanelt, P Taxonomie, evoluce a historie. v Onions and Allied Crops, sv. I. Botanika, fyziologie a genetika; Rabinowitch, HD, Brewster, JL, Eds.; CRC Press: Boca Raton, FL, USA, 1990; str. 1-26.
- 18. Rabinowitch, HD; Currah, L. Allium Crop Science: Nedávné pokroky; Vydavatelství CABI: Wallingford, Spojené království, 2002.
- 19. Mallor, C.; Carravedo, M.; Estopanan, G.; Mallor, F. Charakterizace genetických zdrojů cibule (Allium cepa L.) ze španělského sekundárního centra diverzity. Rozpětí. J. Agric. Res. 2011, 9, 144-155. [CrossRef]
- 20. Ferioli, F.; D'Antuono, LF Hodnocení fenolických látek a cysteinsulfoxidů v místní zárodečné plazmě cibule a šalotky z Itálie a Ukrajiny. Genet. Resour. Crop Evol. 2016, 63, 601-614. [CrossRef]
- 21. Petropoulos, SA; Fernandes, A.; Barros, L.; Ferreira, ICFR; Ntatsi, G. Morfologický, nutriční a chemický popis 'vatikiotiko', cibulové místní krajové rasy z Řecka. Food Chem. 2015,182, 156-163. [CrossRef]
- 22. Liguori, L.; Adiletta, G.; Nazzaro, F.; Fratianni, F.; Di Matteo, M.; Albanese, D. Biochemické, antioxidační vlastnosti a antimikrobiální aktivita různých odrůd cibule v oblasti Středomoří. J. Food Meas. Charakter. 2019,13, 1232-1241. [CrossRef]
- 23. Yoo, KS; Štika, L.; Crosby, K.; Jones, R.; Leskovar, D. Rozdíly v štiplavosti cibule v důsledku kultivarů, růstového prostředí a velikosti cibule. Sci. Hortic. 2006,110, 144-149. [CrossRef]
- 24. Beesk, N.; Perner, H.; Schwarz, D.; George, E.; Kroh, LW; Rohn, S. Distribuce kvercetinu-3, 4′-O-diglukosidu, kvercetinu-4′-O-monoglukosidu a kvercetinu v různých částech cibule (Allium cepa L.) ovlivněné genotypem. Food Chem. 2010,122, 566-571. [CrossRef]
- 25. Caruso, G.; Conti, S.; Villari, G.; Borrelli, C.; Melchionna, G.; Minutolo, M.; Russo, G.; Amalfitano, C. Účinky doby přesazování a hustoty rostlin na výnos, kvalitu a obsah antioxidantů cibule (Allium cepa L.) v jižní Itálii. Sci. Hortic. 2014,166, 111-120. [CrossRef]
- 26. Perez-Gregorio, MR; Regueiro, J.; Simal-Gandara, J.; Rodrigues, AS; Almeida, DPF Zvýšení přidané hodnoty cibule jako zdroje antioxidačních flavonoidů: Kritický přehled. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 2014, 54,1050-1062. [CrossRef] [PubMed]
- 27. Pohnl, T.; Schweiggert, RM; Carle, R. Vliv kultivační metody a výběru kultivaru na rozpustné sacharidy a štiplavé principy v cibuli (Allium cepa L.). J. Agric. Food Chem. 2018, 66, 12827-12835. [CrossRef] [PubMed]
- 28. Tedesco, I.; Carbone, V.; Spagnuolo, C.; Minasi, P.; Russo, GL Identifikace a kvantifikace flavonoidů ze dvou jihoitalských kultivarů Allium cepa L., Tropea (červená cibule) a Montoro (cibule měděná) a jejich schopnost chránit lidské erytrocyty před oxidačním stresem. J. Agric. Food Chem. 2015, 63, 5229-5238. [CrossRef]
- 29. Villano, C.; Esposito, S.; Carucci, F.; Frusciante, L.; Carputo, D.; Aversano, R. Vysoce výkonné genotypování v cibuli odhaluje strukturu genetické diverzity a informativní SNP užitečné pro molekulární šlechtění. Mol. Plemeno. 2019, 39, 5. [CrossRef]
- 30. Mercati, F.; Longo, C.; Poma, D.; Araniti, F.; Lupini, A.; Mammano, MM; Fiore, MC; Abenavoli, MR; Sunseri, F Genetická variace italského rajčete s dlouhou trvanlivostí (Solanum lycopersicum L.) sběr pomocí SSR a morfologických znaků ovoce. Genet. Resour. Crop Evol. 2014, 62, 721-732. [CrossRef]
- 31. Gonzalez-Perez, S.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Merino, F.; Taboada, A.; Rivera, A.; Pomar, F.; Perovič, D.; Silvar, C. Zkoumání genetické rozmanitosti a kvalitativních znaků ve sbírce cibule (Allium cepa L.) landrasy ze severozápadního Španělska. Genetica 2015, 47, 885-900. [CrossRef]
- 32. Lotti, C.; Iovieno, P.; Centomani, I.; Marcotrigiano, AR; Fanelli, V.; Mimiola, G.; Summo, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Genetická, bio-agronomická a nutriční charakterizace kapusty (brassica oleracea L. var. acephala) rozmanitost v Apulii v jižní Itálii. Rozmanitost 2018,10, 25. [CrossRef]
- 33. Bardaro, N.; Marcotrigiano, AR; Bracuto, V.; Mazzeo, R.; Ricciardi, F.; Lotti, C.; Pavan, S.; Ricciardi, L. Genetická analýza rezistence k Orobanche crenata (Forsk.) v hrachu (Pisum sativum L.) linie s nízkým obsahem strigolaktonu. J. Plant Pathol. 2016, 98, 671-675.
- 34. Wako, T.; Tsukazaki, H.; Yaguchi, S.; Yamashita, K.; Ito, S.; Shigyo, M. Mapování kvantitativních lokusů rysů pro dobu roubování ve svazcích cibule (Allium fistulosum L.). Eufytika 2016, 209, 537-546. [CrossRef]
- 35. Dhaka, N.; Mukhopadhyay, A.; Paritosh, K.; Gupta, V.; Pental, D.; Pradhan, AK Identifikace genových SSR a konstrukce vazebné mapy založené na SSR v Brassica juncea. Eufytika 2017, 213, 15. [CrossRef]
- 36. Anandhan, S.; Mote, SR; Gopal, J. Hodnocení odrůdové identity cibule pomocí SSR markerů. Seed Sci. Technol. 2014, 42, 279-285. [CrossRef]
- 37. Mitrová, K.; Svoboda, P.; Ovesna, J. Výběr a validace sady markerů pro odlišení kultivarů cibule z ČR. Čech J. Genet. Plemeno rostlin. 2015, 51, 62-67. [CrossRef]
- 38. Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Montemurro, C. Zachování a charakterizace biodiverzity zárodečné plazmy apulských oliv. Acta Hortic. 2018,1199,1-6. [CrossRef]
- 39. Mallor, C.; Arnedo-Andres, A.; Garces-Claver, A. Hodnocení genetické rozmanitosti španělštiny Allium cepa landrasy pro šlechtění cibule pomocí mikrosatelitních markerů. Sci. Hortic. 2014,170, 24-31. [CrossRef]
- 40. Rivera, A.; Mallor, C.; Garces-Claver, A.; Garcia-Ulloa, A.; Pomar, F.; Silvar, C. Hodnocení genetické diverzity u cibule (Allium cepa L.) krajové rasy ze severozápadního Španělska a srovnání s evropskou variabilitou. NZJ Crop Hortic. 2016, 44, 103-120. [CrossRef]
- 41. De Giovanni, C.; Pavan, S.; Taranto, F.; Di Rienzo, V.; Miazzi, MM; Marcotrigiano, AR; Mangini, G.; Montemurro, C.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Genetická variace globální sbírky zárodečné plazmy cizrny (Cicer arietinum L.) včetně italských přistoupení ohrožených genetickou erozí. Physiol. Mol. Biol. Rostliny 2017, 23, 197-205. [CrossRef]
- 42. Mazzeo, R.; Morgese, A.; Sonnante, G.; Zuluaga, DL; Pavan, S.; Ricciardi, L.; Lotti, C. Genetická diverzita u brokolice rabe (Brassica rapa L. subsp. sylvestris (L.) Janch.) z jižní Itálie. Sci. Hortic. 2019, 253, 140-146. [CrossRef]
- 43. Jakše, M.; Martin, W.; McCallum, J.; Havey, M. Jednonukleotidové polymorfismy, indely a opakování jednoduchých sekvencí pro identifikaci kultivaru cibule. J. Am. Soc. Hortic. Sci. 2005,130, 912-917. [CrossRef]
- 44. McCallum, J.; Thomson, S.; Pither-Joyce, M.; Kenel, F. Analýza genetické diverzity a vývoj jednonukleotidového polymorfního markeru v kultivované cibule na základě exprimované sekvence tag-jednoduché sekvence repetice markerů. J. Am. Soc. Hortic. Sci. 2008,133, 810-818. [CrossRef]
- 45. Baldwin, S.; Pither-Joyce, M.; Wright, K.; Chen, L.; McCallum, J. Vývoj robustních genomových jednoduchých sekvenčních opakujících se markerů pro odhad genetické diverzity uvnitř a mezi cibulí cibule (Allium cepa L.) populace. Mol. Plemeno. 2012, 30, 1401-1411. [CrossRef]
- 46. DeWoody, JA; Honeycutt, RL; Mikrosatelitní značkovače Skow, LC v jelenech s bílým ocasem. J. Hered. 1995, 86, 317-319. [CrossRef] [PubMed]
- 47. Chodadadi, M.; Hassanpanah, D. Íránská cibule (Allium cepa L.) kultivary reakce na depresi inbreedingu. World Appl. Sci. J. 2010,11, 426-428.
- 48. Abdou, R.; Bakasso, Y.; Saadou, M.; Baudoin, JP; Hardy, OJ Genetická rozmanitost nigerské cibule (Allium cepa L.) hodnocené pomocí jednoduchých markerů opakování sekvencí (SSR). Acta Hortic. 2016,1143, 77-90. [CrossRef]
- 49. Pavan, S.; Lotti, C.; Marcotrigiano, AR; Mazzeo, R.; Bardaro, N.; Bracuto, V.; Ricciardi, F.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Schiavulli, A.; a kol. Zřetelný genetický shluk v kultivované cizrně, jak bylo odhaleno objevem genomových markerů a genotypizací. Genom rostlin 2017, 2017,10. [CrossRef]
- 50. Pavan, S.; Marcotrigiano, AR; Ciani, E.; Mazzeo, R.; Zonno, V.; Ruggieri, V.; Lotti, C.; Ricciardi, L. Genotyping-by-sekvenování melounu (Cucumis melo L.) sběr zárodečné plazmy ze sekundárního centra diverzity zvýrazňuje vzorce genetické variace a genomické rysy různých genofondů. BMC Genom. 2017, 18, 59. [CrossRef]
- 51. Di Rienzo, V.; Sion, S.; Taranto, F.; D'Agostino, N.; Montemurro, C.; Fanelli, V.; Sabetta, W.; Boucheffa, S.; Tamendjari, A.; Pasqualone, A.; a kol. Genetický tok mezi populací oliv v oblasti Středozemního moře. Peer J. 2018, 6. [CrossRef]
- 52. Pastýř, LD; McLay, TG Dva protokoly v mikroměřítku pro izolaci DNA z rostlinné tkáně bohaté na polysacharidy. J. Plant Res. 2011,124, 311-314. [CrossRef]
- 53. Doyle, JJ; Doyle, JL Izolace rostlinné DNA z čerstvé tkáně. Soustředit 1990,12, 13-14.
- 54. Kuhl, JC; Cheung, F.; Qiaoping, Y.; Martin, W.; Zewdie, Y.; McCallum, J.; Catanach, A.; Rutherford, P.; Dřez, KC; Jenderek, M.; a kol. Unikátní sada 11,008 XNUMX cibulových exprimovaných sekvenčních značek odhaluje exprimovanou sekvenci a genomové rozdíly mezi jednoděložnými řády asparagales a poales. Rostlinná buňka 2004,16, 114-125. [CrossRef]
- 55. Kim, HJ; Lee, HR; Hyun, JY; Píseň, KH; Kim, KH; Kim, JE; Hur, CG; Harn, CH Vývoj markerů pro testování genetické čistoty cibule pomocí SSR Finder. Korejský J. Breed. Sci. 2012, 44, 421-432. [CrossRef]
- 56. Schuelke, M. Ekonomická metoda pro fluorescenční značení PCR fragmentů. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 233-234. [CrossRef] [PubMed]
- 57. Peakall, R.; Smouse, PE GenAlEx 6.5: Genetická analýza v Excelu. Populační genetický software pro výuku a výzkum: Aktualizace. Bioinformatika 2012, 28, 2537-2539. [CrossRef] [PubMed]
- 58. Kalinowski, ST; Taper, ML; Marshall, TC Revize toho, jak se počítačový program CERVUS přizpůsobuje genotypové chybě, zvyšuje úspěšnost při přidělování otcovství. Mol. Ecol. 2007,16, 1099-1106. [CrossRef]
- 59. Pritchard, JK; Stephens, M.; Rosenberg, NA; Donnelly, P. Mapování asociací ve strukturovaných populacích. Dopoledne. J. Hum. Genet. 2000, 67, 170-181. [CrossRef]
- 60. Evanno, G.; Regnaut, S.; Goudet, J. Detekce počtu shluků jedinců pomocí softwaru STRUCTURE: A simulation study. Mol. Ecol. 2005,14, 2611-2620. [CrossRef]
- 61. Earl, D.; VonHoldt, B. STRUCTURE HARVESTER: Webová stránka a program pro vizualizaci výstupu STRUCTURE a implementaci metody Evanno. Conserv. Genet. Resour. 2011, 4. [CrossRef]
- 62. Takezaki, N.; Nei, M.; Tamura, K. POPTREEW: Webová verze POPTREE pro konstrukci populačních stromů z dat o frekvenci alel a počítání některých dalších veličin. Mol. Biol. Evol. 2014, 31, 1622-1624. [CrossRef]
- 63. Kumar, S.; Stecher, G.; Li, M.; Knyaz, C.; Tamura, K. MEGA X. Analýza molekulárně evoluční genetiky napříč výpočetními platformami. Mol. Biol. Evol. 2018, 35, 1547-1549. [CrossRef]